На основание «Национальной программы по профилактике, диагностике и лечению гастроэнтерологических заболеваний в республике Таджикистан на период 2012-2016 годы»  и с целью подготовки высококвалифицированных специалистов-гастроэнтерологов   при ГУ «Институт гастроэнтерологии» открыты  курсы  усовершенствования и первичной специализации по гастроэнтерологии, эндоскопии и ультразвуковой  диагностики. Приказ Министерства здравоохранения и социальной защиты населения Республики Таджикистан от 13.03.2013г №1  Номер лицензии 0000014.

Согласно графику и плана утвержденным   директором института,  циклы проводится два раза в год  в течение 5 месяцев. После  окончания курса выдается сертификат об окончании специализации.  Курсы занятий проводят высококвалифицированные специалисты в лице академика Мироджова Г.К, профессора Авезова С.А, к.м.н. ХуджамуродоваМ. Н, к.м.н. Рахимовой Х.К. и к.м.н. Ишонкуловой  Д.М.